По умолчанию в Ubuntu пользователю root запрещен вход через ssh. Для открытия доступа нужно выполнить следующие действия:
1. Получаем права суперпользователя
sudo bash
2. Открываем на редактирование конфигурацию sshd
nano /etc/ssh/sshd_config
3. Находим и раскомментируем строку #PermitRootLogin prohibit-password
место phohibit-password вписываем yes, сохраняем, закрываем.
4. Перезапускаем сервис ssh
service ssh restart
5. Теперь зададим пароль для пользователя root
passwd root
Готово, теперь можно цепляться к хосту под root`ом.
Если необходимо авторизоваться под root`ом без пароля, с использованием сертификата, то после выполнения ssh-copy-id нужно изменить значение параметра PermitRootLogin и снова перезапустить сервис ssh
PermitRootLogin without-password